Ginga RPG: Saigo no Ryokon juoni jatkuu samanlaisena kuin edeltäjänsäkin, ja roolipelien välissä ei ole ollut pitkää aikahyppyä - parisen kuukautta - joten juonta jatketaan melkein siitä mihin se jäikin. Tässä kuitenkin yksinkertainen versio siitä mitä tähän mennessä on tapahtunut. Jos juonesta on jäänyt jokin todella tärkeä taistelu, henkilö, lauma tai tapahtuma mainitsematta, tai olen tehnyt jossain virheen, toivon että muistuttaisitte minua ^^
- Ensimmäinen uhka -
Kaksi vuotta sitten Ohua uhkasi vakava vaara: suuri lauma, joka koostui sekä koirista että susista lähestyi rauhallista paratiisia, rikkoen tuon utopistisen rauhan taas. Laumaa johti Kasai, joka oli kerännyt itselleen ensin pienikokoisen lauman, joka oli viimenään paisunut yllättävän suureksi, eikä sakemanni tyytynyt 750:een sotilaaseensa. Se halusi tuhota Ohun ja alistaa lauman omaan alaisuuteensa. Uhatakseen Ohua, lauma otti pysyväksi reviirikseen alueen aivan Futago-solan lähettyviltä. Monet kuolivat Ohun ja Kasain välisessä sodassa, joka koostui useista eri taisteluista eri puolilla Japania. Laumat kasvoivat yli tuhatpäisiksi, kun molemmat hakivat itselleen lisää sotilaita Japanin joka kolkasta. Viimeinen taistelu käytiin Kasain reviirillä. Monien kuolemien jälkeen, Kasai kaatui Ginin Zetsu Tenrou Battougan edessä. Vihollislauma hajaantui, muttei tuhoutunut kokonaan. Ohuun taas palasi rauha, vaikka Gajyo oli jälleen kerran värjäytynyt kuolleiden vereen.
- Vihollisia kaikkialla -
Kasain kuoltua, rauha rikkoutui jälleen. Tällä kertaa paratiisia uhattiin joka suunnalta. Karhut alkoivat liikkua jälleen, komentajanaan Gaki. Se aikoi kostaa koirille nöyryytys, jonka karhujen suku koki Akakabuton kaatuessa. Toisaalla Sniper hautoi kostoa, ja liittoutui jälleen Ohua tyrannisoivan Hougenin kanssa. Kaksikko ei pitkään ehtinyt suunnitella mitään, kun Kasain suku astui taas näyttämölle. Tällä kertaa Ohun haastoi Dorago, uros, joka oli niin vahva, että sai sekä Sniperin että Hougenin alistumaan tahtonsa alle. Dorago oli todellinen paholainen, joka ei antanut armoa taistellessaan Ohua vastaan. Doragon mukana saapui myös tämän ja Kasain isä, Gensui. Tämä kaksikko onnistui voimillaan ja taidoillaan valtaamaan Gajyon Ohun vastarinnasta huolimatta. Gin suostui käskemään laumaansa perääntymään Hokkaidon Kitamille, mutta täysin ne eivät suostuneet luovuttamaan. Molemmat laumat lähettävät toistensa tietämättä sotureita ulkomaille hakemaan lisää sotureita, minkä seurauksena laumat kasvoivat todella ennen näkemättömiin lukemiin ja lähes koko maailman villikoiraa vaikuttivat olevan jomman kumman lauman liittolaisia.
Näin ollen Ohu aloittaa vastahyökkäyksensä saadakseen paratiisinsa takaisin. Lauma onnistuu murtautumaan Doragon joukkojen läpi ja saa Gajyon takaisin, mutta samalla kun vihollisjoukot ovat alkamassa perääntyä, metsiköstä saapuu Gakin johtamina karhujen armeija. Gin ja Dorago suostuvat hetkeksi yhdistämään tuhatpäiset joukkonsa ja surmaavat karhut. Gaki kuolee Weedin hampaiden kautta, aivan niin kuin Akakabutokin oli aikoinaan kaatunut Ginin edessä. Taistelun jälkeen Doragon lauma todella perääntyy takaisin vanhalle reviirilleen, ja tilanne rauhoittuu.
- Paholaiskaksoset -
Kuitenkin, jo ennen kuin Ohun joukot joutuivat perääntymään Kitamille, John oli löytänyt itselleen puolison, Destinyn. Kitamille saavuttuaan Destiny synnytti kaksi pentua sakemanneille. Doragon käskystä kuitenkin kaksi tämän alaista kidnappasivat pennut, saaden Destinyn lähtemään näiden perään aina Gajyolle asti. Pelastusretki ei kuitenkaan mennyt hyvin, vaan päättyi siihen, että Destinyn huomattiin olevan raskaana Doragolle. Se synnytti tälle kaksi pentua, Harakirin ja Kamikazen. Myöhemmin John surmasi Doragon kostoksi niistä kaikista asioista, jotka paholainen oli tehnyt sille ja Ohulle, mutta yhä vain Kasain aloittama sota jatkui, kun sakemannisuvun nuorimmat nousivat lauman johtoon. Harakiri ja Kamikaze eivät ehkä olleet yhtä kokeneita johtajia kuin isänsä, mutta heillä oli monia kokeneita kenraaleja apunaan ja saivat hyvin pidettyä puoliaan Ohua vastaan. Heidän laumansa alettiin tuntea nimellä Paholaiskaksoset, ja vaikutti jo siltä, ettei heitä pystyisi kaatamaan millään.
- Susien sodat -
Näihin samoihin aikoihin Monarkian ja Imperiumin sudet ovat käyneet omia taisteluitaan. Imperiumi jakautui kerran kahtia, ja niin kutsutun Uuden Imperiumin johtoon nousi Bobcat, joka oli yhtäkkiä tajunnut oikeudenmukaisuuden tärkeyden. Imperiumi onnistui kuitenkin ajamaan Monarkian pois Fujivuorelta Kyushulle, ja saman taistelun seurauksena Monarkian nykyinen johtaja Hyoma sai pahoja vammoja ja isänsä käskystä joutui pakenemaan Japanista. Jonkin ajan päästä Hyoma palasi ulkomailta Monarkian johtoon Gaian kukistettua ja mukanaan tämä toi uusia tekniikoita ja nuoren suden nimeltä Beryl. Tämä oli Hyoman poika, joka ei kuitenkaan kunnioittanut isäänsä. Viimenään Beryl lähti Monarkiasta ja liittyi Gaian alaisuuteen. Vain vähän tämän jälkeen Monarkian alueelle saapui hämmennystä aiheuttava susi, joka sanoi olevansa taas Gaian pentu, Fumetsu. Uusi Imperiumi hajosi Bobcatin "herättyä" ja palattua takaisin oiken Imperiumin joukkoihin. Laumat ovat eläneet hiljaiseloa nyt, mutta koko ajan Monarkian selkäpiitä kalvaa uhka Imperiumin uudesta hyökkäyksestä.
Imperiumin susien keskuudessa on alkanut kuhista ja uutiset ovat levinneet nopeasti: Keisari Gaia oli poistunut lauman keskuudesta. Susien pahamaineinen hallitsija oli kuollut vanhuuteen, ja lauman sisällä oli ollut pienimuotoisia kapinoja ja yhteenottoja. Kaikessa hiljaisuudessa Imperiumin johtoon on jo kuitenkin noussut toinen uros: jo hajonneen Uuden Imperiumin entinen johtaja Bobcat.
Monarkiassa oli tapahtunut varsin samanlainen käänne: lauman johtaja Hyoma oli ilmoittanut astuvansa osittain taka-alalle lauman johtajana. Varsinaisesti se ei ollut vielä luopumassa tittelistään, mutta se etsi itselleen kyvykästä sotapäällikköä, joka pystyisi johtamaan laumaa asioissa, joihin Hyoma ei enää iältään tai kyvyiltään pystyisi. Vielä Hyoma ei kuitenkaan ole onnistunut löytämään sopivaa sotapäällikköä ottamaan osittaisen vastuun lauman johtamisesta.
- Paholaiset -
Vihollisten mahti heikentyi joksikin aikaa, kun Kamikaze menehtyi yllättäin. Tämän jälkeen Paholaiskaksoset -nimitys vaihtui Paholaisiksi. Kukaan ei tarkalleen tiedä mikä uroksen kuolinsyy oli, mutta Harakiri uskoi kaiken takana olleen Ohun lauma, minkä takia se vannoi kostoa, ja oli valmis aloittamaan entistäkin verisemmän sodan paratiisia vastaan veljensä kuoleman takia. Taistelu kuitenkin kääntyi Ohun voitoksi ja Harakirin tappioksi melko pian. Harakiri saikin tietää kotiin palattuaan, että Kamikazen tappoi Satsujin laumoineen, ja nyt sakemannilla on kolme kohdetta, joiden tämä haluaa palavasti kuolevan: Gin, Weed ja Satsujin. Tulevaisuudesta ei ole kuitenkaan tietoa kenestäkään, sillä Gensui hautoo juonia, ja aikoo ottaa vallan pojanpojaltaan omiin tassuihinsa.
Samaan aikaan myös Ohun lauman alla kuohuu -kirjaimellisesti-, kun tuntematon lauma on ilmestynyt järkyttämään paholaisten lisäksi paratiisin rauhaa.
Ohu pyrkii suojelemaan paratiisiaan aina vain uusien ja suurempien ongelmien iskiessä, ja turvaamaan nuorten soturien tulevaisuuden oikeudenmukaisina taistelijoina. Mutta selviytyykö Ohun lauma loputtomalta vaikuttavien uhkien edessä? On vain ajan kysymys, milloin vastus on liian suuri Ginin ja Weedin kukistettavaksi.